《女巫阿加莎》的开始，就承接《旺达幻视》的结尾：旺达夺取了阿加莎的魔法，还把她的意识封印在艾格尼斯的身份里；
幻境中，艾格尼斯以为自己是被停薪留职的侦探，奉命调查一桩无名女尸案的时候，被封印的女巫意识逐渐觉醒，她再次回到了西景小镇。
为找回失去的魔法、重拾女巫的荣耀，阿加莎临时组建女巫团，带领队友们踏上前途未卜的“女巫之路”。
似乎是太想与《旺达幻视》显得不同，《女巫阿加莎》第一集用了将近30分钟的篇幅来戏仿《东城梦魇》。
除了故事推进的过程，倘若足够细心，你会发现艾格尼斯的服装造型，与《东城梦魇》里的凯特·温斯莱特差别不大。
但这种区别显然是主创在虚晃一枪，30分钟之后，探案故事一下转成女巫故事线（回到西景小镇），风格十分跳脱。
剧情里有不少细节以彩蛋的形式，印证着它与《旺达幻视》、《奇异博士2：疯狂多元宇宙》之间的关系。
明显一些的彩蛋，是改编自丹麦剧集《旺达幻视》的片头字幕。它就是在直白地告诉观众：你们看到的就是阿加莎被旺达封印在西景镇上的场景。
还有艾格尼斯在犯罪现场悄悄捡起并藏匿的吊坠。这个吊坠原本属于阿加莎的母亲伊瓦诺拉，阿加莎杀死母亲后，就一直戴着它，从在《旺达幻视》里第一次出场，到最后与旺达大战，都能看到这个吊坠。
此外还有不少隐藏式细节。比如开场凶案里的无名女尸，剧情用了四处细节来暗示，她就是“绯红女巫”旺达。
第一处是女尸穿着的深色连帽衫，《旺达幻视》结尾时大战结束后，旺达身上穿着的正是这身衣服。
第二处是女尸发黑的手指和死因，据搭档说她几乎是被压死的，而且指甲里还发现了东欧的土壤。
在《奇异博士2》里，旺达因为使用黑魔法而手指变黑，而她最后自杀的方式，就是轰塌位于东欧的万达格山上的神庙，把自己砸死。
第三处尸体的头发，当艾格尼斯前往太平间一探究竟时，尸体露出了一截头发，颜色是红色，而旺达在整个漫威系列中的发色，刚好也是红色。
其中隐藏最深、互动最强的细节，就是先后出现了“旺达”和“阿加莎”两个人名的借书卡。
这本藏有黑暗魔法的《黑暗神书》，在《旺达幻视》里被旺达从阿加莎手上抢走，又在《奇异博士2》里让旺达失去理智，最后牺牲自己、摧毁多元宇宙里的这本书，所以到了《女巫阿加莎》里，副本所在的书架被烧毁了。
