《乌云之上》的故事背景设定在2017年的夏天，暴雨冲刷过的南方小城惊现碎尸案。铁路段工作人员报警称发现了碎尸块，这些碎尸块分布在不同的地点，但却是来自于同一位女性受害者。

三合刑侦队的女警官韩青（孙俪饰）与搭档钟伟（罗晋饰）合作多年，两人默契无间，共同面对过无数棘手的案件。

然而，就在最近，钟伟在跟踪一名嫌疑人后离奇失踪，近两个月来杳无音信。

韩青在焦虑与痛苦中，一方面处理着日常的案件，另一方面暗中持续调查钟伟的行踪，却始终未能找到任何线索。

直到新的命案接连出现，她意识到这背后可能隐藏着更大的秘密。

通过蛛丝马迹，韩青判断命案与钟伟的失踪有关。

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